芝龙要求以厦门、金门和澎湖巡检司（包括现在的台湾岛）为其驻地时，朱由校不由得哑然失笑，他招抚郑芝龙可不愿再像以前历史上只是让郑芝龙名义上归附大明，但还控制有自己的地盘和军队，与其这样倒不如不招抚，因为这样只会养虎为患
在朱由校看来，郑芝龙要想归附大明，必须接受其军队全部交由朝廷打乱混编，且郑芝龙也别想再有任何的根据地